デューンの章出現条件
シオンの章・サーレントの章・リザの章をクリアする。
クリアする順番は特に関係ありません。
一番最後にクリアした章のアイテムデータと各章の主人公のレベルが引き継がれます。

一度デューンの章に突入した後は、各章(リザの章・サーレントの章・シオンの章)
で再びラスボスを倒せばデューンの章を初めからまたプレイすることが可能です。
その際のレベルも各章の主人公のレベルが引き継がれ、デューンの章に突入します。

デューンの章に突入する際に、どの主人公でデューンの章に突入するのがいいのか
下記にそれぞれのメリット・デメリットを記載します。

シオンの章
メリット アポカリプスを装備してゴモラを倒してもディスラスを引き継げる。
デメリット リザ専用装備の小剣・銃のロミオの引継ぎができない。
サーレントのバードカッターの類が引き継げない。
銃系の装備が引き継げない(※街などでちゃんと購入している場合などは除く)

サーレントの章
メリット カッター系がすべて引き継げる。
杖や剣が引き継げるので、シオン・リザ・デューンの装備に困らない
デメリット リザ専用装備の小剣
ロミオの引継ぎができない。

リザの章
メリット 銃系とレイピアを引き継げる
デメリット 銃とレイピアの活躍できる場所がデューンの章は少ない。
サーレント専用装備のバードカッターが引き継げない。

というわけで一番いいのは、ちゃんと取引しゴモラ戦ではディスラスを装備しゴモラを倒す。
その後、リザの章でボスを倒す。
最後にサーレントの章をクリアしてデューンの章に突入する。
のがいいと思います。